川崎病是由一种宿主对易感因素敏感所导致的免疫应答异常的一个全身性的血管炎症。它是全身性的血管炎，就也可能会影响到脑的血管。

　　但是川崎病的全身性的血管炎大多数愈后良好，即便是合并有无菌性的脑膜炎、脑炎，也会完全性的康复，遗留后遗症的比较少。除非出现了有肢体活动的障碍，损伤肢体的主导的神经会出现一些肢体活动的障碍遗留症。绝大部分患儿对智商没有影响。