巧克力囊肿通常建议在囊肿增大到一定的时候，比如大于4厘米可以考虑手术治疗。在四厘米以内，又没有明显的临床症状时，没有很好的药物治疗。

　　当然通过药物治疗，比如促性腺激素释放激素类药物，用药后可以控制囊肿的继续增长，但是不能长时间用药，停药后会有复发以及继续增长的可能。

　　如果囊肿增长缓慢，没有腹痛、痛经等症状，可以暂时不治疗，定期复查。对于有生育要求的，也要在囊肿增大到一定的时候才考虑手术治疗，在囊肿较小的时候建议尽快怀孕。如果怀孕困难，可以使用辅助生殖技术。