中枢性疼痛并没有明确的神经病理的机制能够解释，目前有很多的学说可以解释部分类型的中枢性的疼痛，但并没有获得广泛的认可。

　　因为中枢性疼痛理切片以后，做显微的染色，发现没有病理过程，所以严格来说应该是病理生理过程。对于中枢性疼痛的病理生理过程，由于神经网络非常的复杂，有上行的，有下行的。所以不同部位的受损，病理生理过程是不一样的。

　　如果是上行疼痛传输的激惹，也会感觉到疼痛的增加。同样，下行的抑制疼痛神经通路，如果是功能减弱，也会出现感觉中枢性的疼痛。