扁桃体炎的原因主要是当某些诱因如受凉、过度劳累、烟酒过度、有害气体刺激等等因素，使全身或者局部的抵抗力下降，隐藏在扁桃体隐窝中的细菌或者病毒等病原体趁机侵入人体，或者原有的细菌大量繁殖，从而引起扁桃体炎。

　　扁桃体炎主要致病菌是乙型溶血性链球菌，还有葡萄球菌、流感杆菌以及一些病毒等等，通常是细菌和病毒混合感染者较多见。有些合并有厌氧菌感染。