CT和磁共振的成像原理完全不同。CT的成像原理是通过X线，X线有一定的辐射，对人体长时间照射有一定的损伤。而磁共振的原理是利用氢质子在磁场中进动，吸收能量、释放能量，通过计算机形成清晰的断层解剖图像，所以CT和磁共振图像有一定的区别。

　　其次，CT在中枢神经系统检查中会产生很多骨质伪影，但是磁共振中不会出现。但是CT也有一定的优点，比如骨折、出血或肺部疾病可以明确诊断。

　　磁共振在中枢神经系统、腹部、盆腔以及软组织系统的疾病诊断中远远优于CT。