舌咽神经痛根据病因可分为原发性及继发性。原发性舌咽神经痛病因不明，可能为舌咽、迷走神经的脱髓鞘性改变，引起舌咽神经的传入冲动，与迷走神经之间发生短路，与牙齿、喉、鼻旁窦的感染无明显关系。

　　继发性舌咽神经痛，可由小脑脑桥角附近的肿瘤、炎症、异位动脉压迫、鼻咽部及附近的肿瘤、慢性扁桃体炎、茎突过长、舌咽神经纤维瘤等引起。

　　疼痛的部位主要位于一侧的咽部、扁桃体区及舌根部，可反射到同侧舌面或外耳道深部，疼痛呈剧烈电击样、针刺样剧痛。