功能性胃肠病的诊断，目前临床上还没有哪项检查能够直接诊断出来，所以通常使用的是排除性诊断。

　　例如，功能性胃肠病主要以青年人群为主，相对于老年人，临床上首发会考虑青年人患有功能性胃肠病的可能性比较大。

　　临床上也会分析患者的症状，比如，患者伴有明显消瘦、大便里带血、腹痛、贫血貌等症状时，可以排除是功能性胃肠病。

　　第三、通过初步常规检查，如血常规、甲状腺功能检测、B超或胃镜检查等，来排除器质性疾病之后，再来确诊功能性胃肠病。