肺脓肿如果治疗及时是可以完全治愈的，但需要足够的剂量和疗程的抗菌药物的治疗，大多数患者是不需要手术的。抗菌药物的选择可以根据药敏试验，治疗时间不少于三周，治疗应该持续到肺炎消散和空洞消失，尽能残留小的稳定的残余病灶。

　　肺脓肿的病灶消散通常需要数周至数月的治疗，大多数患者出院以后仍然需要口服抗菌药物。体位引流是有效的辅助方法，因为病灶常常对抗菌药物有效，所以极少需要外科引流。

　　大的空洞，药物治疗无效的患者可以做皮下引流，脓胸的患者也需要行引流。如果慢性肺脓肿经内科治疗三个月以上，脓腔仍然不缩小，感染未能控制，可以考虑进行手术切除术。