急性感染性心内膜炎的致病菌主要是金黄色葡萄球菌，其次为链球菌和革兰氏阴性杆菌。病原菌主要来自皮肤、肌肉、骨骼或者肺等部位的活动性感染灶。

　　循环中细菌量大，细菌毒力强，具有高度的体系性和粘附于内膜的能力。细菌在血中持续的存在，有可能在心外的机体其他部位播种化脓性病灶，形成迁移性的脓肿。