头孢克肟是可以治疗扁桃体发炎的，不过头孢克肟对于扁桃体发炎的治疗，不如头孢氨苄片或头孢拉定，因为扁桃体发炎主要是由于乙型溶血性链球菌感染所导致，头孢氨苄片，头孢拉定为第一代头孢菌素，对革兰氏阳性球菌的治疗效果最好，而头孢克肟为第三代头孢菌素，通常治疗革兰氏阴性杆菌效果较好，而对革兰氏阳性球菌的治疗，不如第一代头孢菌素。