胃大部切除术后并发症较多，部分患者会出现严重的并发症。早期会出现上消化道出血，出血有可能来自于吻合口，也有可能来自于胃断端。根据出血量大小，可以考虑保守治疗。

　　部分患者还会出现十二指肠残端瘘，十二指肠残端瘘在胃大部切除术后属于严重的并发症。十二指肠残端有胰腺、胆管开口、十二指肠，大量胰液经瘘口流入腹腔会导致自身消化严重感染，胰的腐蚀会导致周围血管破裂、大出血，所以十二指肠残端在胃大部切除术后，属于非常严重的并发症。

　　患者还会出现输入袢梗阻、输出袢梗阻。个别由于瘢痕狭窄或者吻合技巧问题，也会出现吻合口，包括输入、输出袢梗阻。

　　术后患者远期的并发症包括倾倒综合症、低血糖综合征以及营养不良性贫血。