首先应去除病因，进行抗感染治疗，在等待实验室结果的同时，局部使用广谱抗生素，确定致病菌属后给予敏感抗生素滴眼液、必要时联合抗病毒滴眼液。

　　根据病情的轻重可选择生理盐水结膜囊冲洗、局部用药、全身用药或联合用药。切勿包扎患眼，但可配戴太阳镜以减少光线的刺激。超急性细菌性结膜炎治疗应在诊断性标本收集后立即进行，以减少潜在的角膜及全身感染的发生，局部治疗和全身用药并重。成人急性或亚急性细菌性结膜炎一般选择抗生素滴眼剂。不配合点药儿童则选择眼膏。

　　严重的细菌性感染如伴随有角膜炎，得短期3-5天口服抗生素治疗同时加用玻璃酸钠滴眼液修复角膜上皮。如果是病毒感染，可用利巴韦林、更昔洛韦眼膏治疗，同时口服抗病毒口服液。

　　病毒感染多数会引起角膜炎，因此早期使用玻璃酸钠滴眼液就很有必要。各类型结膜炎波及角膜引起角膜炎时应按角膜炎治疗原则处理。