甲减鉴别诊断主要是病因学诊断，首先需要区别引起甲减具体原因，多数患者是由于自身免疫性甲状腺炎引起，通过甲状腺自身抗体检查即可明确。还有部分患者是由于甲状腺切除、手术切除甲状腺癌或者甲状腺结节引起，在临床中比较常见。不常见原因包括先天性甲减，因为现在小孩出生后，首先给小孩进行甲状腺功能检查，所以先天性甲减比较少见。