肛门肿瘤分为良性及恶性之分，针对良性肿瘤而言，不同的良性肿瘤其发病原因不同，治疗方案也不同，比如皮脂腺囊肿，其发病主要是由于肛周皮脂腺导管阻塞所引起，治疗主要以手术切除为主。比如表皮囊肿其发病主要是由于胚胎发育异常所导致，治疗主要也是以手术切除为主。脂肪瘤其发病可能与全身脂肪代谢障碍、肠源性脂肪代谢障碍以及肠营养不良有关，治疗上如果没有引起临床症状不需要治疗。

有临床症状者可以采用局部切除。而肛门部恶性肿瘤，其发病可能是由于环境因素，人类乳头状瘤病毒感染、免疫状态和抑癌基因等多种因素相互作用的结果。对于恶性肝肿瘤治疗上主要治疗方法为手术、放疗、化疗等综合治疗为主。