对于肛门湿疣大多数患者具有婚外性交、性乱史、嫖娼史或者配偶感染及家庭成员感染史，临床表现主要是在肛门、肛管、肛周皮肤及生殖器等部位，出现单个或者多发凸起赘生物，呈丘疹状、乳头状、菜花状或者鸡冠状，表面粗糙角化。一般情况下，可以直接作出临床诊断。而对于有一部分不典型或者亚临床感染患者，那么需要结合病史、临床表现及实验室检查予以确诊，实验室检查主要是病理组织学检查、细胞学检查等寻找HPV感染依据作为辅助诊断。