肛乳头瘤的发生目前其发病并不是特别清楚，但是肛乳头瘤患者通常合并其他肛管直肠疾病，比如肛窦炎、肛裂以及痔疮等。

因此有人认为，肛乳头瘤为肛管直肠疾病的继发性病变，镜下主要表现为纤维结缔组织组成表面被覆盖复层扁平上皮。而就目前的临床报道而言，肛乳头瘤发生癌变的可能性非常低，也就是基本上不可能。但是，对于发生肛乳头瘤的患者是需要积极的治疗。

肛乳头瘤其临床表现主要为脱出表面、破溃，那么会表现为便血。小的肛乳头瘤通常没有临床症状，合并其他疾病时，那么同时可以出现其他疾病的临床表现。最常见外形为扁三角形、多数表面光滑、脱出肛乳头瘤常常表现为豆芽菜形状，即为一个较大头部，后面连接一个长而纤细的蒂。肛乳头瘤有恶变可能，但是在临床肛乳头瘤恶变极为罕见。正是因为其比较罕见，所以其发生癌变可能需要经历的时间会比较久，有可能会达到20年以上。