隐球菌性脑膜炎的检查主要是腰椎穿刺，脑脊液压力增高，外观透明或微浑浊，白细胞轻至中度增高，在20~700×10的6次方每升偶可达5000×10的6次方每升，以淋巴细胞为主，蛋白质增高0.4到一克每升，偶可更高，糖及氯化物降低。

脑脊液墨汁染色涂片或细胞玻片离心沉淀法的吉木萨、瑞氏复合染色片都可查到深蓝色球形隐球菌，部分隐球菌可见芽孢损伤生长，如在脑脊液中先加隐球菌抗血清后，再离心制片可提高印度墨汁染色阳性率，隐球菌培养多为阳性。

血及脑积液乳酸凝集试验和酶联免疫吸附试验的隐球菌抗原阳性率较高，CT或MRI等影像学检查提示脑水肿、脑积水和局灶性改变，脑实质内肉芽肿在MRI检查中可表现为T1项略低信号和T2项明显高信号。