肾静脉血栓的治疗包括抗血小板治疗、抗凝治疗、溶栓治疗以及外科手术及介入治疗。

肾病综合征患者均应接受抗血小板制剂的治疗，以预防肾静脉血栓的形成，常用双嘧达莫以及阿司匹林。合并溃疡时，阿司匹林要慎用以防诱发消化道出血，而抗凝治疗，当肾病综合征患者血清白蛋白低于20g/L时应给予预防性的抗凝治疗膜性肾病更应如此。

肾静脉血栓一旦形成，则抗凝治疗至少应持续半年。如果半年后肾病综合征不缓解，血清白蛋白仍旧低于20g/L抗凝治疗还需继续进行，抗凝治疗首先选用肝素或低分子肝素皮下注射待病情稳定后再改为口服抗凝药长期服用，口服抗凝药一般为华法林。

而溶栓治疗，一旦证实肾静脉血栓形成，应立即开始溶栓治疗。常用的溶栓药物为尿激酶或链激酶，以及第二代的溶栓药物，主要指基因重组的组织型纤溶酶原激活物，而外科手术和介入治疗，对于急性双侧肾静脉主干血栓且反复出现肺栓塞的患者可以行外科手术切除血栓，但是多数患者疗效不佳，现已少做。

介入治疗包括导管介入局部药物溶栓治疗及机械切除血栓治疗。血栓切除前、后都要辅以抗凝治疗，谨防血栓再形成。