对于肾皮质髓质脓肿的患者并发症，主要有两方面：一、由于脓肿较大以及周围并未进行良好的抗生素使用之后局限性包裹，那么脓肿可能进一步侵犯到周围的组织脏器以及进入的血液循环系统，从而导致全身感染引起脓毒血症和败血症的发生，患者会有明显的发热寒战等全身症状，必须及时进行有效的抗生素治疗，而对于肾皮质髓质脓肿，如果向下侵犯，会导致突破肾盂进入到泌尿系统，从而导致肾盂肾炎以及进一步下行进入到输尿管、膀胱、尿道，从而导致整个泌尿系统感染的症状，患者会有明显的尿频、尿急、尿痛以及脓尿的产生。