对于肾盂癌，目前治疗主要是以手术根治为主，肾盂癌其实就是尿路上皮癌。因此，其根治是需要将一侧的肾脏、输尿管、膀胱壁内段都需要进行手术切除，这是肾盂癌根治的主要方案，而同时对于部分患者可以进行保留器官的手术。

如孤立肾患者并不适合进行肾盂癌根治术，可以进行冷冻消融，将肾盂黏膜内或者输尿管当中的肿瘤进行消融冷冻；而对于部分患者如侵犯到肾盂外面，那么可以进行对症化疗放疗有一定的治疗作用，目前新型的免疫治疗对于尿路上皮癌有很好的治疗效果，部分大型医院可以进行临床试验治疗。