慢性肾盂肾炎的辅助检查包括血常规检查，可见红细胞计数和血红蛋白轻度降低。在慢性肾盂肾炎急性发作时，白细胞计数和中性粒细胞比例可以增高。尿液检查可发现白细胞尿、低渗尿、低比重尿、尿酶、尿钠升高等。部分患者可有少量蛋白尿。如发现白细胞管型有助于诊断，但并非本病特异性表现。在尿细菌检查方面，若急性发作，清洁中段尿细菌培养等同于急性肾盂肾炎。可有真性细菌尿，但阳性率较低，一次尿检阴性和细菌培养阴性不能排除慢性肾盂肾炎的可能。

一般患者无肾功能障碍，晚期则出现不同程度血清肌酐和血清尿素氮的升高。而在影像学检查上，静脉肾盂造影可以见肾脏体积变小，形态不规则，肾盂肾盏扩张变钝，肾乳头收缩。皮质的瘢痕常位于肾脏的上、下极。膀胱镜检查可以观察尿道口开口位置和形态改变，有助于膀胱输尿管反流的诊断。