巴瑞特综合征典型的症状就是烧心、反酸，常常会伴有上腹胀、嗳气、胸骨后的烧灼样的疼痛。这种疼痛可以放射至颈部、肩胛部和双臂。在巴瑞特的后期可能会出现食管的哽咽感或解黑便，食管哽噎感表现为进食后食物下到胃里面有受阻。这种症状跟巴瑞特综合征引起食管下段狭窄、食物通过受阻有直接关系，解黑便跟食管下端的溃疡有破溃出血有直接关系。

另外溃疡严重的时候，会引起食管下端的穿孔甚至会继发纵隔的感染，表现为顽固性的胸痛，会伴有发热等症状。当病人出现有上述症状时。用抑酸效果不佳或者用抑酸的药物后症状会稍缓解、但停药后又复发，就要考虑这种病的可能性，需要尽早的到消化内科做电子胃镜或上消化道钡餐检查来明确。在确诊后需要用抑制胃酸和促进胃动力的药物来治疗。