肛门尖锐湿疣的治疗主要有以下几种：

1.局部药物治疗初发较小者，可用腐蚀剂，如苯酚、足叶草酯、三氯乙酸、二氯乙酸等外抹患处，可促使疣体脱落，涂药时注意保护肛门周围的正常皮肤与黏膜。亦可通过中医药辨证论治，用中药煎煮后熏洗患处。

2.物理疗法小而分散的湿疣，可用低温液氮冷冻、光动力、电灼、激光、微波、射线等治疗、电离子治疗机等物理手段破坏病灶组织，促其脱落。其中，光动力是通过光敏剂选择性地富集于病灶，通过纳米光照射，光敏剂吸收后则可较精准的作用于病灶，损伤也更小。

3.免疫治疗包括自体免疫法、抗病毒药、干扰素和转移因子等。其中，自体免疫疗法是通过将感染组织里的HPV病毒灭活，提取后注射于患者自身上，从而产生免疫力。免疫治疗常综合其他治法一起应用，尤其适用于反复发作者。

4.手术治疗