肾有轻微的疼痛可能是慢性肾炎、肾结石、肾囊肿等疾病导致的。

1、慢性肾炎：肾脏出现炎症感染后，包膜及周围神经可能会受到刺激，从而出现肾有轻微疼痛的症状，应及时就医，必要时在医生的指导下使用雷公藤多甙片、百令胶囊、金水宝胶囊等药物进行治疗。

2、肾结石：如果肾脏部位出现了结石，当结石比较大时，就会刺激肾脏，引起疼痛，有些患者还会出现血尿，可进行体外碎石治疗，也可选择手术取石。

3、肾囊肿：属于一种良性病变，由于囊肿会刺激周围组织，所以引起肾脏疼痛，随着囊肿增大，患者的疼痛症状还可能逐渐加重，可以通过手术切除进行治疗。