小孩子在医生指导下一般是可以长期做经颅磁刺激仪治疗的。

　　经颅磁刺激仪是一种相对安全、无创且有效的物理治疗方法，对于小儿多动症、抑郁症、小儿脑性瘫痪以及自闭症等神经或精神疾病，都有一定的治疗效果。经颅磁刺激仪治疗时可产生一定频率和强度的磁场，而磁场可无创通过患儿的颅脑屏障到达颅内组织，并产生相应的感应电流，进而刺激脑细胞和血管，起到相应的治疗效果。治疗过程通常不会对患儿造成负面损伤，副作用相对较小，所以可以长期进行治疗。

　　但如果患儿存在颅内出血、颅内感染、颅内肿瘤等病变，则不能进行该项治疗。