真菌和细菌感染哪个严重要视其感染的严重程度以及有无相应的并发症形成而决定。对于轻度的真菌或细菌感染，通过及时有效的抗感染治疗以及足疗程的抗感染，疾病多能较快的缓解和控制，此时病情并不严重。

　　如果细菌感染出现重症肺炎、脓毒血症或者是脑脓肿、多脏器的脓肿等，此时疾病是相当严重的。如果真菌性肺炎其未得到有效的控制，可以导致肺的毁损、甚至是大咯血，其疾病亦很严重。

　　部分真菌感染还可以导致颅内感染，其病情更加危重。如果处理不及时，患者可以临床死亡。故当发生真菌和细菌感染时，要具体分析其病情再评估其严重程度。