怀孕40天自然流产排出来的可能是蜕膜、孕囊、绒毛、血液等组织。

　　自然流产后阴道内排出的物质，大多呈肉团样，是由蜕膜、孕囊、绒毛、血液等成分组成的。孕囊通常会呈椭圆形或者圆形，形状大小类似鱼泡，颜色多为白色或粉白色，与蜕膜、绒毛等其他组织可以通过肉眼进行分辨。

　　发生自然流产的情况时，患者还要观察排出物和阴道出血的情况，如果血量不尽，则很可能妊娠物没有排净，为不全流产，就需要及时就医，进行检查和治疗;如果妊娠物排出后流血停止、腹痛消失，即为完全流产。

　　患者流产后需要卧床休息，两周内禁止盆浴，一个月内要禁止性生活，以免产生感染，还要多补充营养物质，但不要吃生冷、刺激性的食物。