HPV疫苗对于扁平疣疾病是没有治疗效果的，因为HPV疫苗主要是预防人乳头状瘤病毒感染引起的宫颈癌及癌前病变。虽然多数的扁平疣是由于人乳头瘤病毒感染引起，但是引起扁平疣的主要类型为HPV-3型，而HPV病毒已经达100多型，HPV疫苗主要针对的病毒类型并没有HPV-3型，所以扁平疣患者不需要注射HPV疫苗。

　　扁平疣患者可以遵医嘱选择药物治疗，如水杨酸、维A酸类药物、干扰素、咪喹莫特乳膏、氟尿嘧啶软膏等药物；如果扁平疣的数目比较少，可以选择物理治疗，常用治疗方式为冷冻治疗、电灼治疗、刮除法以及激光治疗等。