肛窦炎分为非手术治疗和手术治疗两种方式。

　　非手术治疗需要根据患者感染的病菌种类，选择合适的抗菌药物，推荐做细菌培养和药敏试验；同时可使用1:5000的高锰酸钾溶液坐浴，甲硝唑药物进行保留灌肠，缓解肛窦炎导致的不适症状。

　　如果患者是急性肛窦炎并且已经化脓，需要及时进行肛窦切开引流术治疗疾病；手术后患者要使用药液坐浴遵医嘱按时换药，大便后要清洗肛门处。

　　中医也可以治疗肛窦炎疾病，如湿热下注型患者，可使用龙胆泻肝汤清热利湿、活血止痛；阴虚内热型患者可使用增液汤加减治疗，可以养阴清热和润肠通便。