质子重离子放疗指的一般是质子重离子治疗技术，普通放疗一般是指普通放射治疗，区别是原理和对周围组织的损伤程度是不同的。

　　1、原理

　　普通放射治疗是利用放射线照射肿瘤细胞使细胞凋亡的一种治疗方法，常用的有三维适形放疗、伽马刀放疗，主要是通过射线(X线，γ线)等光子线可以对细胞造成不同类型的损伤。而质子重离子治疗技术则是利用质子和重离子进行放疗的一种方法，质子和离子都属于粒子线，而且两者可以形成布拉格峰，作用于肿瘤细胞。

　　2、对周围组织的损伤程度

　　普通放射治疗依赖于肿瘤细胞对放射物的敏感性，理论上放射敏感度越高，治疗的效果越好，但治疗对周围正常组织可能会造成一定的损伤。而质子重离子治疗技术并不依赖于肿瘤细胞的放射敏感度，该方法可以对肿瘤进行立体定向治疗，利用极高速的粒子束释放能量对肿瘤细胞进行集中爆破，以达到放疗效果的更大化，而且还可以减少对周围健康组织的损伤。