怀孕40天，如果平时月经周期比较准，这个时候B超应该可以发现孕囊，就是在宫内可见宫腔孕囊情况下，可以进行药物流产。

　　一般情况下，药物流产建议在怀孕49天之内进行。如果时间太长，可能药流不一定能流干净，可能要药流结合清宫手术。因此，对于想要流产人群来说，应及时前往医院就诊，医生会根据孕妇情况选择合适流产方式。