氨基糖苷类抗生素不良反应有耳毒性、肾毒性、神经肌肉麻痹和过敏反应。其中耳毒性包括前庭神经和耳蜗听神经损伤。

　　除此之外，内服还会影响肠道对脂肪、蛋白质、糖、铁等吸收。长期服用会导致肠道菌群失调，发生厌氧菌或真菌二重感染。常用氨基糖苷类抗生素有阿米卡星、卡那霉素、庆大霉素和链霉素。