导致甲减原因有很多，最常见是由自身免疫性疾病所导致，这样疾病往往具有一定家族遗传倾向。除了甲状腺功能中的促甲状腺激素增高，甲状腺激素减低往往还会伴有甲状腺过氧化酶抗体以及甲状腺球蛋白抗体明显升高，最常见于桥本氏甲状腺炎伴甲减。

　　另外，有些甲亢患者在服用药物进行治疗时，由于剂量过大，未按时进行甲功检测，也会出现药源性甲减。