慢性肠炎通常很难自愈。慢性肠炎如果不及时进行治疗，病情将会迁延日久，不易自愈。

　　慢性肠炎，可能是因为细菌、真菌等慢性感染引起的，这些疾病需要应用敏感的药物来进行抗感染治疗，经过积极有效的治疗以后，病情大多可以痊愈。

　　慢性肠炎，还有可能是慢性溃疡性结肠炎，此种疾病与免疫紊乱有关，治疗比较困难，通常难以彻底治愈。