拉肚子肛门疼痛的原因主要有两类因素所引起，首先是由于拉肚子时，患者需要反复上厕所，并擦拭肛周进行清理，而反复摩擦会使肛门皮肤受到一定的伤害，进而出现肛门疼痛的表现。

　　其次，考虑是由炎症刺激所引起的。一般情况下，拉肚子的原因多是由于肠炎所引起，当炎症扩散到肛周时，可以导致肛周出现充血、水肿以及疼痛等症状。