核磁共振能对全身各个系统进行详细检查，对于中枢神经系统，其能够检查出脑内血管病变、颅内肿瘤、脊髓病变、颅内感染、脑部退行性病变、颅内先天发育畸形、颅脑外伤等疾病。在五官科，其可以检查出眼眶内炎症、眼眶内肿瘤、眶内血管病变、鼻窦炎、舌部肿瘤、腮腺病变、耳部肿瘤等疾病。

　　此外，对于胸部，核磁共振能够检查出心脏畸形、大血管畸形、纵隔疝、肺部先天畸形等疾病。同时，此项检查对肝囊肿、血管瘤、肝癌、胆道结石、前列腺增生、卵巢先天畸形、膝关节损伤、股骨头缺血坏死、骨骼炎症等疾病都有一定的诊断意义。