畸胎瘤发生的机制到目前为止没有明确阐明，在学术界目前就认为有两种学说第一是单性生殖学说，主要是卵巢上的某些细胞，受到外界的刺激，像单一细胞发生分裂，发生不典型增生，最后形成畸胎瘤，第二是全能细胞学说，认为畸胎瘤的发生与胚胎早期细胞自我分化有关系，全能细胞发生了异常的分裂和增殖而导致的畸胎瘤的发生。