肠镜检查为一种侵入性的检查方法，在治疗的过程中可能有些风险，包括对麻药过敏、镇静药过敏或染色剂过敏。还会导致出血、肠壁穿孔、病变活检部出血、粘膜损伤。还可导致各种心律失常、急性心肌梗死或者脑梗死、脑出血等脑血管疾病。

　　在操作过程中还可能出现低血糖、肠系膜撕裂、腹腔内脏出血。甚至无法预料的并发症。因此对于本身有高血压 、糖尿病、肝肾功能不全的患者，需要在医生评估下，了解是否能进行肠镜检查。