蹲着膝盖疼，可能有以下几种原因引起：

第一、关节炎，髌骨关节面在蹲位时相互摩擦而导致疼痛。

第二、半月板损伤，半月板撕裂时导致膝关节疼痛。

第三、膝关节周围韧带劳损，如髌腱炎、股四头肌肌腱炎，易在蹲位时出现膝关节的疼痛。

第四、腘窝囊肿，腘窝囊肿易导致蹲位时膝关节胳膊处疼痛。

在膝关节在蹲位时疼痛，需早期检查核磁共振或进行相关查体，采取早期诊断和治疗。