肛周脓肿的形成主要是肛腺感染。肛腺开口于肛窦，肛窦开口向上，粪便容易进入肛窦内，引起肛窦和肛腺感染，感染向肛管直肠周围间隙蔓延扩散，形成肛周脓肿。

　　直肠内异物、干硬粪便通过直肠肛管时，造成损伤。或者外伤导致的感染，向深部组织扩散，划伤肛管直肠粘膜，而继发感染，也会形成肛周脓肿。