巧克力囊肿是子宫内膜移位的一种表现形式，对于性生活频繁的女性容易发生巧克力囊肿。另外，巧克力囊肿的发生与长期的精神压力大、植物神经功能紊乱有关，人体内分泌调节紊乱就会导致卵巢功能过早衰退，使卵巢发生巧克力囊肿。

　　还有一些生理性的原因，比如子宫内膜正常情况下是在子宫腔内生长，在来月经的时候脱落而重新开始在其他部位增生。还有多次分娩、多次流产的女性也容易发生巧克力囊肿。