吃中药后眼睛不舒服有可能是药物副作用、药物过敏以及干眼症等原因导致的。

1、药物副作用：由于每个人的个体差异，少部分人群在服用中药后有可能会导致身体出现副作用，比如眼睛干涩、身体乏力、恶心、呕吐等。

2、药物过敏：当自身属于过敏体质时，在服用中药后，如果对中药的某种成分出现过敏症状时，有可能会引起眼睛不舒服以及分泌物增多、结膜充血等过敏症状。

3、干眼症：眼睛过度疲劳或者患有糖尿病风湿类疾病时，有可能会引起身体出现肝炎症，即使服用相关中药以后，也有可能会引起眼睛不舒服的现象。

除上述原因以外，也不排除是过敏性结膜炎导致的。