病毒性发烧40℃三天了一般是病毒性感冒、流行性腮腺炎、病毒性脑膜炎等原因引起，应结合原因对症治疗。

1、病毒性感冒：当病毒入侵机体后容易导致病毒在体内繁殖，体温中枢调节功能也会障碍，容易引起发热，可遵医嘱口服连花清瘟胶囊、小柴胡颗粒等药物治疗。

2、流行性腮腺炎：这类患者也可表现为反复高热症状，可在医生指导下口服阿昔洛韦片、利巴韦林颗粒等抗病毒药物进行治疗。

3、病毒性脑膜炎：当感染比较严重时，病毒就有可能侵犯大脑，进而导致反复高热，还可出现恶心、呕吐等不适，应及时就医，必要时在医生指导下使用伐昔洛韦、甘露醇等药物进行治疗。

除上述原因外，也可能是流行性冠状病毒感染等导致，需要到专业医院进行明确检查。