肛瘘不及时治疗会产生很多不良后果。肛瘘外口不断有脓液溢出，有时外口封闭局部会出现肿胀疼痛，慢慢形成脓肿，诱发肛周脓肿。有的患者还会因为肛瘘出现血便。

　　肛瘘多次反复发作，脓液可穿透管壁沿括约肌蔓延，形成多发外口的复杂性肛瘘。高位肛瘘长期炎症刺激括约肌，会使括约肌形成炎性瘢痕，影响肛门的生理功能，严重的会造成肛门失禁。

　　长期肛瘘还有癌变的可能，病人还会出现身体消瘦、精神不振、抗病能力下降等。