先天性肥厚性幽门狭窄最常见的并发症是吸入性肺炎，会因为持续性呕吐，导致呕吐物经咽部经声门反流进入气管，造成吸入性反流性肺炎。

　　先天性肥厚性幽门狭窄在临床上表现可轻可重，甚至部分病人以吸入性肺炎到医院来检查就诊，认为吐奶是新生儿正常喂养不当造成症状和表现而未引起重视。

　　肺炎严重时可能会造成呼吸循环衰竭，由于长时间呕吐，不能正常进食和喂养，很多患儿还合并有不同程度营养不良、水、电解质紊乱和大便量减少等一系列临床表现。