根管治疗的第二次是将神经取出以及去除根管内感染性物质和预备根管。主要是先将第一次的材料清理干净，然后用冲洗掉根管内封入的乳牙失活剂，再通过扩大针和根管锉等器具探寻根管口，进行根管的疏通，如果根管已经疏通，再配用机械的扩和挫，进行根管的预备和冲洗。

根管治疗主要是保留了牙齿，因而与拔牙术互补，治疗较为繁琐，多分为3步，具体如下：

1、根管预备阶段：在根管预备之前要进行根管治疗的术前评估、髓腔预备等，其次才是打开牙齿的髓腔，将坏掉的牙髓组织清除干净。

2、根管消毒阶段：在根管治疗术中，将消毒的药物封存在残存的压根内，然后将里面的细菌消灭掉。

3、根管充填阶段：在根管治疗术中，进行根管填充时，要把握时机，一般是在无自觉症状，根管内无异味，无渗出等症状即可充填，多用生物相容性好的材料严密的填充根管。