早上起来牙齿酸痛，考虑可能是牙本质过敏症、楔状缺损、牙周炎等疾病导致的，需要根据具体原因给予针对性的治疗。具体如下：

1、牙本质过敏症：牙体硬组织因磨耗、磨损等，破坏了牙釉质的完整性使牙本质暴露，当早晨起来口腔内接触冷空气后，会刺激牙本质，造成牙齿酸痛现象 。而当牙在受到酸甜刺激以及机械作用，摩擦或咬硬物等也会引起酸痛症状。治疗时应先充填覆盖暴露的牙本质。其次，可采用氟化钠甘油反复涂擦敏感区1~2分钟，或采用脱敏牙膏进行刷牙；若牙本质暴露严重，可采用树脂充填法恢复牙齿的形态，从而去除牙本质过敏症状。

2、楔状缺损：病因主要是由于长期用力的横向刷牙，造成唇颊侧牙颈部硬组织的渐进性丧失，导致牙本质暴露，而暴露的牙本质敏感性增加，遇到冷热刺激时会诱发疼痛，当早上起来，口腔开始接触外界的冷空气，就会出现牙齿酸痛症状。治疗方面：调整咬合关系、改善刷牙方法是防治楔状缺损的根本措施。教授患者掌握正确的刷牙方法，如巴氏刷牙法等，建议其在刷牙时搭配使用牙线。若楔缺较轻，可在缺损处涂抹氟化钠甘油等进行脱敏；若楔状缺损较严重时，需要进行树脂充填修补缺失的组织。

3、牙周炎：牙周炎是在牙龈炎症进一步向深层牙周组织扩展而形成的，其病理变化仍以炎症为主，也可出现牙龈和牙槽骨的萎缩改变。当牙龈和牙槽骨萎缩导致牙根暴露在口腔时，遇到冷热刺激会使牙本质敏感度增加，早上起床接触冷空气或者喝冷热水时，就会诱发牙齿酸痛。治疗需根据患者病情发展程度而定，其治疗周期较长，轻症者经过2~8周的治疗可治愈或好转，重症者病程长达十余年，甚至数十年。常见治疗为采用牙齿洁治术去除菌斑结石等，之后局部用过氧化氢溶液或者醋酸氯己定溶液冲洗，最后行牙周夹板固定术固定松动牙。若牙齿酸疼症状明显，可采用脱敏牙膏或者局部涂氟进行脱敏治疗，缓解牙齿酸软的症状。要嘱咐患者定期复查，以免牙周炎进一步发展。