输尿管软镜碎石术危害，可能会引起输尿管损伤、感染、输尿管狭窄等问题。

1、输尿管损伤：临床使用输尿管软镜时，需要放置输尿管软镜镜鞘。输尿管损伤多是在输尿管软镜镜鞘进入输尿管过程中引起，还可能会发生撕脱，严重时可导致输尿管断裂。另外，在碎石过程中，还可能会由于光纤维引起输尿管黏膜损伤。建议在使用之前，提前留置双J管2-4周，对输尿管起到一个扩张作用，以降低输尿管的损伤发生率。

2、感染：输尿管软镜碎石术引起的感染，多见于在碎石过程中，软镜进入时或者光纤维碎石过程中导致黏膜损伤，引起的细菌感染。或者是合并有感染性结石、手术时间较长，也会导致机体受到细菌的侵袭。很容易引起菌血症、脓毒血症，出现寒战、高热等全身症状，严重时可出现中毒性休克。

3、输尿管狭窄：输尿管软镜碎石术引起的输尿管狭窄，多是远期并发症，是因为输尿管黏膜受损后，未完全治愈或引起炎症感染后反复发作，导致出现黏膜瘢痕，引起的输尿管狭窄。建议在术后，在医生指导下放置双J管，并且口服抗感染的药物，以降低输尿管狭窄的发生率。