男士肛门长小疙瘩可能是肛门尖锐湿疣、痔疮、肛周脓肿、肛瘘等疾病引起。

1、肛门尖锐湿疣：肛门尖锐湿疣是由人类乳头瘤病毒感染引起的增生性疾病，是性传播性疾病，可表现为肛门周围出现1个至多个针尖至黄豆大小的丘疹，外观为丘疹样、乳头样、菜花样等，若是发生于男士肛门就可在肛门处看到小疙瘩。肛门尖锐湿疣的其他临床表现还有肛门瘙痒、潮湿等，常常因摩擦而糜烂、破溃而渗血或有血性脓痂覆盖。

2、痔疮：是指肛管或直肠下端静脉充血肿大所致的屈曲团块，其病因暂未明确，但可能与长期进食刺激食物、长期久坐、肛周感染、排便时间过长等有关。当男士外痔形成或者内痔脱出时可在肛门处出现小疙瘩，痔疮的其他临床表现为出血、疼痛、肛门瘙痒、肛门不适、排便困难等。

3、肛周脓肿：是指直肠肛管周围软组织或其周围间隙发生的急性化脓性感染，并形成脓肿。肛周脓肿的病因暂未明确，但绝大多数由肛窦炎引起，也可继发于肛周皮肤感染、肛裂、内痔等。当脓腔发生于男士肛门时，可使肛门表面出现鼓包类似小疙瘩。另外肛周脓肿还可伴有肛周持续性、跳痛性疼痛，若脓肿位置较深还可伴肛门坠胀感，里急后重，外加全身症状发热、寒战、恶心、呕吐等。

4、肛瘘：是指肛管直肠周围的肉芽肿性管道，由内口、瘘管、外口三部分组成。通常由肛周脓肿转变而来，还可由肛管外伤，结核等引起。若是男士肛瘘外口位于肛门，肛门皮肤会出现一个隆起，看上去类似小疙瘩，肛瘘的其他临床表现还有肛瘘外口间断或持续流出少量脓性、血性、粘液性分泌物，若是炎症严重还可出现全身发热、寒战、乏力等。