肺炎输液13天后还发烧（即发热）的原因有很多，比如药物因素、特殊病原体感染、病灶未被完全清除等。具体治疗需根据原因而定：

1、药物因素

考虑是由于未能覆盖致病菌、细菌耐药等药物因素导致。应该在医生指导下继续用药治疗，根据痰培养选择合适的抗生素以及联合使用抗生素。如果是耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌感染，可选万古霉素、替考拉宁、去甲万古霉素等；如果是耐青霉素的肺炎链球菌、可用诺氟沙星、环丙沙星、莫西沙星等。

2、特殊病原体感染

比如结核杆菌、真菌、病毒等病原体的感染，治疗反应较慢，治疗疗程需延长，13天往往不能达到效果。如果是结核杆菌感染，应先继续抗结核治疗，如异烟肼、利福平、乙胺丁醇等；真菌感染则应抗真菌治疗，如伊曲康唑、氟康唑、伏立康唑等；病毒性肺炎可选用利巴韦林、阿昔洛韦、金刚烷胺、阿糖腺苷等药物；肺炎支原体肺炎可选大环内酯类药物，比如红霉素、阿奇霉素、罗红霉素等。

3、病灶未被完全清除

如果痰液引流不通畅，肺部病灶没有被清除，就会导致持续发热的情况。只有炎症被清除，体温才会下降。卧床患者应给予定时翻身拍背，避免呛咳、误吸，帮助排出呼吸道分泌物。痰量过多或有脓痰时，可予祛痰药物，如氨溴索、盐酸溴己新、羧甲司坦等，也可使用气道雾化治疗促进排痰。